El descubrimiento, en 1977, de los genes fragmentados, fue inesperado. Hasta entonces todos los genes que se habían analizado con detalle eran genes bacterianos, los cuales no tienen intrones. Las bacterias tampoco tienen núcleo ni sistemas de membranas internas, tienen genomas mas pequeños que el de las células eucariotas y tradicionalmente se considera que se parecen a las células mas sencillas a partir de las que han derivado las células eucariotas.
No es sorprendente que la mayoría de los biólogos pensaran inicialmente que los intrones eran un rasgo extraño y aparecido tardíamente en la línea de los eucariotas. Sin embargo, ahora parece mas probable que los genes fragmentados tengan un origen muy antiguo y que las bacterias hayan perdido sus intrones después de que hayan evolucionado sus proteínas.
La idea de que los intrones son muy antiguos es compatible con los conceptos actuales de la evolución proteica mediante recombinacion de prueba y error de exones que codifica distintos dominios proteicos. Además, se han obtenido evidencias del antiguo origen de los intrones mediante el examen del gen que codifica la ubicua triosafosfato isomerasa. La triosafosfato isomerasa desempeña un papel esencial en el metabolismo de todas las células, catalizando la interconversion entre el gliceraldehido-3-fosfato y la dihiroxiacetona fosfato un paso central en la glucolisis y en la gluconeogenesis.
[...] aumentar considerablemente la probabilidad de que ambas proteínas interactuen. La unión de una proteína a la otra mediante una asa de ADN de 500 pares de nucleotidos aumenta su frecuencia de [...]