Uno de los métodos de utilidad más general para el fraccionamiento de las proteínas es el de la cromatografía, técnica desarrollada para separar pequeñas moléculas como azúcares y aminoácidos. Un tipo muy común de cromatografía todavía muy utilizado actualmente para separar pequeñas moléculas, es la cromatografía de partición.
Típicamente, una gota de la muestra se aplica como una mancha en una hoja de material absorbente inerte, como celulosa o gel de sílice (cromatografía en capa fina). A continuación, se deja que una mezcla de disolventes, como por ejemplo el agua y un alcohol, impregne la hoja desde unos de sus extremos; a medida que el líquido se va desplazando a través de la hoja, va separando las moléculas de la muestra en función de la solubilidad de cada uno de los dos disolventes.
Los disolventes se escogen de forma que uno de ellos se adsorba con mayor intensidad en el material que el otro formando una capa de disolvente estacionario en la superficie de la hoja. En cada región de la hoja las moléculas se equilibran entre el disolvente estacionario y el móvil: las que son más solubles en el disolvente fuertemente adsorbido son relativamente retardadas porque consumen más tiempo en la capa estacionaria, mientras que las que son más solubles en el otro disolvente se mueven más rápidamente. Después de un cierto número de horas, la hoja se seca y se tiñe para localizar la situación de las diferentes moléculas.
[...] Las proteínas quinasas que fosforilan proteínas en las células eucariotas pertenecen a una gran familia de enzimas, las cuales contienen un dominio catalítico de 250 aminoácidos (quinasas) similar. Los diversos miembros de la familia contienen diferentes secuencias de aminoácidos a ambos lados del dominio quinasas y a menudo dentro del dominio tienen diferentes secuencias formando asas. Algunas de estas secuencias adicionales de aminoácidos permiten que cada quinasa reconozca específicamente el conjunto de proteínas que fosforila . Otras secuencias únicas permiten que cada quinasa esté regulada de forma diferente, de manera que puede ser activada o inhibida en respuesta a diferentes señales específicas. Comparando las diferencias en la secuencia de aminoácidos entre los miembros de una familia proteica puede construirse un “árbol evolutivo”, que al parecer refleja el patrón de duplicación génica y de divergencia que ha dado lugar a la familia. No resulta sorprendente que a menudo las quinasas que tienen funciones relacionadas se localicen en ramas vecinas del árbol. Por lo tanto todas las proteínas quinasas que participan en procesos de señalización celular fosforilando cadenas laterales de tirosina se hallan agrupadas. [...]