El motivo hélice-giro-hélice está formado exclusivamente por aminoácidos. Sin embargo, un segundo grupo importante de motivos de unión a ADN utiliza una o más moléculas de zinc como elemento estructural. Aunque todos los motivos que utilizan zinc se han denominado dedos de zinc (zinc fingers), esto se refiere sólo a su aspecto en diagramas esquemáticos que datan de su descubrimiento inicial.
Estudios estructurales posteriores han permitido demostrar que realmente se trata de diferentes grupos. El primer tipo fue descubierto inicialmente en la proteína que activa la transcripción del ARN ribosomal eucariota.
Se trata de una estructura simple, formada por una hélice alfa y una lámina beta, mantenidas unidas por el zinc. Este tipo de dedo de zinc se encuentra frecuentemente agrupado con otros dedos de zinc adicionales, organizados uno detrás de otro de modo que la hélice alfa pueda contactar con el surco mayor de ADN, formando una serie casi continua de hélice alfa alrededor del surco.
De esta forma se obtiene una interacción ADN-proteína fuerte y específica a través de la repetición de una unidad estructural básica. Una ventaja particular de este motivo que es la fuerza y especificidad de la interacción ADN-proteína se pudo ajustar durante la evolución mediante cambios en el número de repeticiones de los dedos de zinc.
[...] directamente la secuencia de nucléotidos del ADN fue evidente que las cantidades relativas de ADN del genoma haploide de diferentes organismos no estaban sistemáticamente relacionadas con la [...]