Los genomas de las células eucariotas se encuentran muy compactados, consiguiéndose que las moléculas de ADN quepan en el interior de la célula y puedan ser manejadas fácilmente. El primer nivel de compactación es el enrollamiento del ADN alrededor de las histonas formando los nucleosomas. El segundo nivel de compactación consiste en que los nucleosomas se empaquetan en fibras de 30 nm. Finalmente, en la heterocromatina, confinada a determinadas regiones del genoma que en interfase muestran una estructura extraordinariamente condensada, se observa un orden de empaquetamiento todavÃa superior.
En primer lugar los nucleosomas, no son ningún obstáculo serio ni para las proteÃnas reguladoras ni para el ARN polimerasas. Los incrementadores pueden actuar a pesar de ellos, las histonas que bloquean un promotor pueden ser desplazadas y una, vez ha comenzado la transcripción, Pol II puede transcribir a través de los nucleosomas sin desorganizarlos.
Incluso las polimerasas bacterianas, que no se encuentran nucleosomas in vivo, pueden transcribir a su través, lo cual sugiere que el nucleosoma esta construido de modo que pueda ser atravesado con facilidad. El segundo principio general es que algunas formas de empaquetamiento del ADN de orden superior hacen el ADN inaccesible tanto para las proteÃnas reguladoras como para los factores generales de transcripción. Asà el empaquetamiento de ADN en estructuras de orden superior juega un papel clave en el control de la expresión genica en eucariotas.
